A política estratégica da Fundação baseia-se na qualidade, e por isso, o sistema de gestão da qualidade da FURP conta com estrutura organizacional, profissionais capacitados, procedimentos, processos, ações de melhoria contínua e recursos, necessários para assegurar que os produtos fabricados cumpram com os requisitos estabelecidos em seu registro junto à Agência Nacional de Vigilância Sanitária (ANVISA) e apresentem segurança, qualidade e eficácia, não colocando em risco os pacientes.

A Gestão da Qualidade é compromisso da Diretoria, e isso se reflete em todos os departamentos e níveis da organização. O sistema está estruturado de forma que os produtos são desenvolvidos atendendo a necessidade do cumprimento das Boas Práticas de Fabricação (BPF), de Laboratório (BPL) e Clínicas (BPC). Todas as operações envolvendo a produção, controle, armazenamento e distribuição dos produtos estão claramente especificadas por escrito e as exigências de BPF cumpridas. A verificação do cumprimento dos requisitos especificados é realizada sistematicamente por meio de auditorias, tanto internas, como por órgãos independentes à Fundação.

A FURP possui certificação de Boas Práticas de Fabricação para as linhas de produção de seu parque fabril, tanto de medicamentos como de produtos para saúde.